자주묻는질문

Western blot은 특정 단백질의 발현 변화를 선택적으로 분리·검출하는 분석 기법입니다. 반면 LC–MS 기반 단백체 분석은 시료 내 전체 단백체를 포괄적으로 탐색하여, 단 한 번의 실험으로 수백~수천 개의 단백질을 동시 식별 및 정량할 수 있는 고해상도 스크리닝 기법입니다.

따라서 두 기술은 분석 목적과 감도, 데이터 처리 방식이 달라 특정 단백질의 검출 여부나 신호 강도에서 차이가 발생할 수 있습니다. 요약하면 Western blot은 선택적 단백질 검출에 특화된 분석, LC–MS는 광범위한 단백질 발현 변화를 정성 및 정량적으로 탐색하는 분석이라고 할 수 있습니다. 

현재 기술로는 특정 경로나 기능군에 속한 단백질만을 직접적으로 선택해 정량 분석하는 방식은 존재하지 않습니다.

다만, 이론적으로는 관심 경로에 포함된 단백질만을 선별적으로 농축(enrichment)해 분석하는 전략이 가능할 수 있으나, 대부분의 생물학적 경로는 다양한 세포 내 위치와 기능을 가진 단백질들이 복합적으로 얽혀 있어 이를 완전히 분리·농축하는 데에는 기술적 제약이 있습니다.

이에 따라 LC-MS 기반 단백질체 분석에서는 시료 내 전체 단백질을 폭넓게 분석한 뒤, 데이터 해석 과정에서 관심 경로나 기능군에 해당하는 단백질을 선별해 정량 정보를 확인하는 방식을 활용합니다. 이러한 접근을 통해 개별 단백질에만 집중하는 분석보다, 관련 네트워크 전반에 대한 보다 폭넓고 체계적인 정보를 얻을 수 있습니다.

LC–MS 기반 단백체 분석에서 특정 단백질이 검출되지 않는 데에는 여러 요인이 복합적으로 작용할 수 있습니다. 먼저 풍부한 단백질이라는 개념은 절대적인 함량이 아니라 시료 내 다른 단백질과의 상대적 농도 차이를 의미합니다. 만약 해당 단백질보다 훨씬 높은 농도의 단백질이 다량 존재한다면, 이들이 MS 신호를 우세하게 점유하게 되어 상대적으로 저농도의 단백질은 검출 한계 이하로 밀려날 수 있습니다.

또한 효소 소화(digestion) 효율 역시 중요한 영향을 미칩니다. 단백체 분석 시 일반적으로 trypsin을 이용해 단백질을 펩타이드로 절단하는데, 만약 해당 단백질의 서열 내에 절단 부위(Lys, Arg) 가 부족하거나, 3차 구조로 인해 효소 접근성이 낮은 경우 절단 효율이 저하될 수 있습니다. 이로 인해 소화된 펩타이드 양이 부족하면 해당 단백질은 검출되지 않거나 정량 신뢰도가 떨어질 수 있습니다.

마지막으로 이온화 효율(ionization efficiency) 또한 검출 여부를 결정하는 중요한 요인입니다. 펩타이드의 화학적 특성(극성, 전하, 분자량 등) 에 따라 질량 분석 과정에서 이온화 효율이 달라지므로, 같은 농도의 펩타이드라도 검출 감도에 차이가 발생할 수 있습니다.즉, 단백질의 상대적 농도, 소화 효율, 이온화 효율 등 실험적 변수들이 복합적으로 작용하여, 특정 단백질이 검출되지 않거나 검출 신호가 약하게 나타날 수 있습니다.

네, 가능합니다. 냉동(-20 °C 또는 -80 °C) 상태로 적절히 보관된 시료라면 분석 진행이 가능합니다. 

다만, 시료의 동결·해동 과정에서 단백질 변성이나 분해가 발생할 수 있으므로, 분석 전까지 반복적인 해동은 피하고, 가능한 한 한 번만 해동하여 분석용으로 분주해 주시는 것을 권장합니다. 시료 상태에 따라 결과의 정확도에 영향을 줄 수 있으므로, 보관 조건이나 해동 이력이 있는 경우 함께 전달해 주시는 것이 좋습니다.

보다 정확한 안내가 필요한 경우, 상담을 통해 상세히 안내해 드릴 수 있습니다.

네, 가능합니다. 결과 보고서 수령 후 3개월 이내에는 분석 결과에 대한 기본적인 해석 및 설명을 추가로 안내해 드릴 수 있습니다. 결과가 도출된 원인이나 데이터의 해석 방법 등에 대해서는 설명이 가능하며, 이해를 돕기 위한 수준의 안내를 제공합니다.

다만, 분석 결과에 대한 추가 상담은 데이터 이해를 돕기 위한 설명 범위에 한하며, 연구 방향이나 결론에 영향을 미칠 수 있는 개인적 견해나 자문에 해당하는 내용은 지원 범위에 포함되지 않습니다. 궁금하신 점이 있으신 경우, 해당 기간 내에 문의해 주시면 담당자가 결과 내용을 중심으로 상세히 안내해 드립니다.

추가 상담 내용이나 범위에 따라, 별도의 비용이 발생할 수 있습니다.

LC-MS 기반 단백질체(Proteomics) 분석에서 동정되는 단백질의 수는 분석에 적용된 실험 디자인에 따라 크게 달라집니다.

분획(fractionation) 단계의 추가, LC 구동 시간의 확장, 고감도 탐지 모드 설정 등 고해상도·고심도 분석을 위한 전략을 적용하면, 보다 많은 단백질을 식별할 수 있습니다.

다만 이러한 고급 분석 설계는 분석 시간, 장비 점유율, 소모품 사용량이 크게 증가하기 때문에 그에 상응하는 비용 부담이 발생합니다. 따라서 본 서비스에서는 기본적으로 표준 분석 절차를 적용하여 효율적인 분석과 합리적인 비용을 제공하고 있으며, 논문 수준의 포괄적·심층적 데이터 확보가 필요한 경우에는 해당 목적에 맞춰 실험 디자인을 최적화하여 진행할 수 있습니다.

LC–MS/MS 기반 멀티오믹스 분석은 초정밀 고성능 장비와 고가의 수입 시약 및 소모품이 사용되는 고난도 분석입니다.

이에 따라 장비 유지·보수, 소모품 교체, 정밀 튜닝 등을 위한 비용이 지속적으로 발생하며, 이러한 요인들이 분석 단가와 기간에 반영됩니다. 또한 국내의 경우 NGS 분야에 비해 Proteomics 분석 인프라를 갖춘 기관이 많지 않아, 장비 운영 비용과 관련 소모품 가격이 상대적으로 높게 형성되어 있는 구조적 배경도 있습니다.

Proteomics : 시료 수령 후, 6-8주

PTM 분석: 시료 수령 후, 12주 이내

Metabolomics : 시료 수령 후, 6-8주

(단, Panel-based Metabolomics는 별도 안내)

* 분석 과정, 장비 상태, 시료 상태 등에 따라 실제 소요 기간이 달라질 수 있습니다.

네. 3회 반복(Triplicate)은 통계적 신뢰성을 확보하기 위한 최소 기준입니다.

 1회 분석만으로는 표본 수가 너무 적어 유의성 있는 결과를 얻기 어렵습니다.

 2회 반복도 반복 간 변동이 발생할 수 있어 재현성을 보장하기 어렵습니다.

따라서 3회 이상 반복 분석을 통해 데이터 변동성을 평가하고, P-value 기반의 통계 검정을 신뢰성 있게 수행하는 것이 권장됩니다. 이는 결과의 정확성(Accuracy)과 재현성(Reproducibility)을 확보하기 위한 필수 절차입니다.